中国发布脑胶质瘤组学数据 将向全球免费开放

2019-07-09 科技日报、神外资讯

中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库近日发布2000例中国脑胶质瘤样本的功能基因组学数据。经过15年的临床标本和组学数据积累,目前该数据库日臻完善,全部基因组数据向全世界研究者免费开放。据不完全统计,已有美国、欧洲多家知名研究...

  记者从首都医科大学附属北京天坛医院了解到,中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库近日发布2000例中国脑胶质瘤样本的功能基因组学数据。经过15年的临床标本和组学数据积累,目前该数据库日臻完善,全部基因组数据向全世界研究者免费开放。据不完全统计,已有美国、欧洲多家知名研究机构近200篇SCI论文引用该数据库。

  CGGA发起人和创建者、北京天坛医院神经外科副主任江涛介绍,此次公布的数据涉及不同组织病理分类、不同WHO恶性度分级、原发/复发配对样本,还包含了详尽的临床数据,包括患者性别、年龄、放疗和化疗情况、完整随访数据等。针对不同组学数据特点,研究团队还开发了不同的在线分析工具,包括脑胶质瘤突变图谱绘制、基因表达及其DNA甲基化的分布模式展示、相关性分析以及生存分析结果可视化等。

  脑胶质瘤是成人最常见的颅内原发恶性肿瘤。2004年起,江涛团队开始致力于中国脑胶质瘤生物样本库的建立及临床随访数据的收集。在神经外科专家王忠诚院士的指导下,CGGA于2012年启动。依托于国家神经系统疾病临床医学研究中心、北京市神经外科研究所以及北京天坛医院,目前CGGA数据库已经成为亚洲乃至全世界最大规模的脑胶质瘤医学信息工程。

  “我们希望通过基因组学技术分析,全面绘制中国人群的脑胶质瘤基因组图谱,让国内外更多从事脑胶质瘤的研究者可以对数据库进行挖掘利用。”江涛表示,CGGA数据库有助于推动脑胶质瘤新型诊疗模式的发展,让更多脑胶质瘤患者获益。

  当前版本的CGGA数据集更新时间为2019年7月1日。此数据库中共包含了286例全外显子测序数据,两个批次共计1018例全转录组测序数据,301例mRNA芯片数据,198例microRNA芯片数据以及159例甲基化芯片数据。更为重要的是数据库中还包含了与组学数据相匹配的临床数据,如组织病理分类,WHO分级,性别,年龄,放化疗情况,生存及其状态等信息。

  

 

  CGGA数据库也首次提供了与数据集相匹配的分析工具,如突变谱展示(Oncoprint),表达谱展示,相关性及其生存分析等工具。

  

 

  1. 首次发布的全外显子测序数据为探索中国人群的脑胶质瘤基因组图谱提供了珍贵资源。

  2. 最大规模的脑胶质瘤转录组数据(1018例样本)为今后谱写脑胶质瘤基因表达模式提供了全面的数据资源,同时也为非编码RNA、可变剪切、融合基因等相关研究领域提供了数据支持。

  3. 数据库中纳入了复发胶质瘤组学数据为研究复发机制及其治疗下的基因组特征提供了坚实基础。

  4. 脑胶质瘤治疗及其预后信息的发布为从“科学发现“到 “临床应用”的转化提供了可能。

  总之,这次近2000例有关脑胶质瘤临床及其组学数据的发布为全面探索脑胶质瘤的疾病特点、分子机制、及其诊疗等研究提供了珍贵的信息资源,相信一定能够为脑胶质瘤领域的发展提供新助力。

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